Маргарита Стипцова притежва както консултантски, така и административен опит в областта на проектите, финансирани от Европейските фондове. Занимава се с проекти от 2009 г. Стартира с наблюдение на изпълнението на проекти по ОП „Развитие на човешките ресурси“ в Агенция по заетостта. Впоследствие работи в частния сектор както в консултантски компании, така и в неправителствената организация Сдружение „Български икономически форум“. Има значителен консултантски опит в разработване и управление на проекти за бизнес развитие на предприятия от различни икономически сектори, както и по международни проекти с разнообразна насоченост. Има одобрени и изпълнени над 50 проекта както по оперативните програми, така и по транснационални програми и програми, директно финансирани от Европейската комисия.
Притежава магистърска степен по „Международни отношения“ от СУ „Св. Климент Охридски“ . Завършила е курс по разработване на проекти, финансирани от Структурните и предприсъединителните фондове на ЕС, воден от холандската организация ECORY в Ротердам.
Владее английски, немски и френски езици.